En 1947 Es nombrado profesor de mineralogía en la U. de Chile
En 1866
formó parte de la plana de docentes de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad de Chile. Un año después, fue elegido rector de la Universidad, cargo que ejerció durante tres períodos, hasta 1883.
Como rector, Ignacio Domeyko formuló nuevas ideas para la educación dentro de la Universidad, apelando a la profesionalización de las ciencias. De esta forma, se preocupó de organizar estudios que estuvieran orientados a las ciencias prácticas, transformando la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas en una Escuela de Ingeniería. Sus conocimientos fueron fundamentales en la construcción de puentes, en la ingeniería en minas y en los estudios geográficos e hidrológicos. También entregó nuevas ideas para la legislación y propiedad minera, y dio a conocer sus propuestas para la realización de una política indígena en Chile.
Sus excursiones geologo mineras & estudios de la mayoría del territorio chileno, lo han convertido en uno de los grandes conocedores de las riquezas en minerales del país,especialmente el mineral de Chañarcillo, difundio al pais y al mundo sus experiencias en estos ámbitos.
Domeyko afianzo su permanencia definitiva en Chile, luego de contraer matrimonio con Enriqueta Sotomayor.

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